El departamento de Itapuá alberga uno de los patrimonios históricos y culturales más importantes de la historia americana de la época de la colonización española; éstas son las ruinas de Santísima Trinidad del Paraná, las reducciones de Jesús de Tavarangüe y ruinas de San Cosme y Damián. Estas tres maravillas forman parte de la Ruta Jesuítica del Paraguay. La misma ofrece un recorrido de los siete pueblos jesuíticos y por museos y remanentes de las misiones jesuíticas del Paraguay, las cuales fueron instaladas hacia el sur de la Región Oriental. En los museos podemos disfrutar de originales piezas de arte sacro y artesanías en lana, cuero, hilo, piedra y madera.
SANTÍSIMA TRINIDAD DEL PARANÁ
Ubicada en la ruta 6 o Juan León Mallorquín, km 31, a 700 m de la ruta y 35 kilómetros al noreste de la ciudad de Encarnación. Es la reducción jesuítica mas imponente, por lo cual la consideran «la mayor y mejor». Fue declarada “Patrimonio de la Humanidad” en 1993 por la Unesco. Inicio en año 1706 y fue fundada por nativos que provenían de las misiones de San Carlos. En la iglesia mayor sobresalen los frisos de los ángeles músicos y un gran púlpito de piedra. Una asombrosa torre está situada a cierta distancia de la iglesia menor. Cuenta con una Plaza Mayor, en la cual se llevaban a cabo las reuniones del pueblo. En el lugar también se encuentran dos museos: El Museo Jesuítico con tallas en piedra, nichos y retablos, y el Museo Lítico, al costado del templo, con piezas esculpidas en piedras, restos de ángeles y santos. Contiene partes de algún friso con diseño de flores y frutas de la vegetación característica de la región.
JESÚS DE TAVARANGÜÉ
Esta reducción se ubica en la ruta 6, km 31. Luego se desvía 11,6 km. Se encuentra a 42,6 km de la ciudad de Encarnación. Este sitio fue declarado Patrimonio de la Humanidad en 1993 por la Unesco. Fue fundada en el año 1685 a orillas del Rio Monday. A causa de la hostilidad de los brasileros tuvo que ser trasladada hasta llegar al departamento de Itapuá. La iglesia se destaca por su gran tamaño, a pesar de que no pudo ser terminada debido a la expulsión de los Jesuitas en el año 1767. Hubiera sido una de las iglesias más grandes de la época. Se extiende en un predio que unas 5 hectáreas.
SAN COSME Y SAN DAMIÁN
Esta última reducción se ubica al sur del departamento de Itapuá, en la ruta 1, km 308. Luego se desvía 27 km. Es la única que mantiene su estructura de 2 pisos y la pintura original del cielo raso. Los jesuitas la utilizaban como observatorio de astronomía, llegando a ser el segundo en Sudamérica. Allí construyeron telescopios, cuadrantes astronómicos y relojes de sol cuadrado de piedra, los cuales utilizaban para realizar sus trabajos y estudios. Gracias a ello fue una de las misiones más reconocidas en Europa. En la actualidad la iglesia reúne imágenes de madera policromada, sillones, candelabros y pila de agua bautismal. En el año 2010 habilitaron un Centro de Interpretación Astronómica llamado “Buenaventura Suárez” en honor al fundador de la misión. Se extiende en un predio de 2 hectáreas.